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library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(plotly)Arañitas
Presentacion
Este documento muestra la riqueza de aracnidos (clase Aracnida) en áreas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica
Fuentes de datos:
Registro de presencia de aracnidos: [consulta al sistema mundial de informacion en biodiversidad (GBIF)] (https://geos1pne.sirefor.go.cr/wfs)
Poligonoas de ASP: [servicio WFS] (https://doi.org/10.15468/dl.ghbhx9) de sistema Nacional de Áreas de Conservación (Sinac)
Carga de paquetes
Carga de datos
Áreas protegidas
asp <-
st_read("asp.gpkg", quiet = TRUE) |>
st_transform(4326) |>
st_make_valid()
plot(asp$geom)
Resgistros de presencia de aracnidos
aracnidos <-
st_read(
"aracnidos.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude" # columna de latitud decimal
),
quiet = TRUE
)
st_crs(aracnidos) <- 4326Visualización de datos
Cantidad de registros de presencia por especie
registro_aracnidos_x_especie <-
aracnidos |>
st_drop_geometry()|>
group_by(species)|>
summarise(cantidad_registros = n())|>
filter(species != "")
grafico_ggplot2 <-
registro_aracnidos_x_especie |>
arrange(desc(cantidad_registros)) |>
slice(1:10) |>
ggplot(aes(x = reorder(species, cantidad_registros), y = cantidad_registros)) +
geom_col() +
coord_flip() +
xlab("Especie") +
ylab("Cantidad de registros") +
theme_classic()
ggplotly(grafico_ggplot2) |> config(locale="es")Mapa de distribución de la especie countrysides limbatus
centruroides_limbatus <-
aracnidos |>
filter(species == "Centruroides limbatus")leaflet() |>
setView(
lng = -84,
lat = 10,
zoom = 7
) |>
addProviderTiles(provider = providers$CartoDB.Positron, group = "Carto Positron") |>
addPolygons(
data = asp,
color = "black",
weight = 1.5,
stroke = TRUE,
group = "ASP"
) |>
addCircleMarkers(
data = centruroides_limbatus,
color = "turquoise",
radius = 4,
stroke = FALSE,
group = "Centruroides limbatus"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c("Carto Positron"),
overlayGroups = c("ASP", "Centruroides limbatus")
)Mapa de riqueza de las especies aracnidas de ASP
- Union epacial de aracnidos y asp
aracnidos_union_asp <-
st_join(
x = aracnidos,
y = dplyr:: select(asp, codigo),
join = st_within
)- Conteo de la cantidad de especies de aracnidos enm cada ASP
riqueza_especies_aracnidos_asp <-
aracnidos_union_asp |>
st_drop_geometry() |>
group_by()