Arañitas

Presentacion

Este documento muestra la riqueza de aracnidos (clase Aracnida) en áreas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica

Fuentes de datos:

Registro de presencia de aracnidos: [consulta al sistema mundial de informacion en biodiversidad (GBIF)] (https://geos1pne.sirefor.go.cr/wfs)

Poligonoas de ASP: [servicio WFS] (https://doi.org/10.15468/dl.ghbhx9) de sistema Nacional de Áreas de Conservación (Sinac)

Carga de paquetes

library(tidyverse)
library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(plotly)

Carga de datos

Áreas protegidas

asp <-
  st_read("asp.gpkg", quiet = TRUE) |>
  st_transform(4326) |>
  st_make_valid()

plot(asp$geom)

Resgistros de presencia de aracnidos

aracnidos <-
  st_read(
    "aracnidos.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"   # columna de latitud decimal
    ),
    quiet = TRUE
  )

st_crs(aracnidos) <- 4326

Visualización de datos

Cantidad de registros de presencia por especie

registro_aracnidos_x_especie <-
  aracnidos |>
  st_drop_geometry()|>
  group_by(species)|>
  summarise(cantidad_registros = n())|>
  filter(species != "")

grafico_ggplot2 <-
registro_aracnidos_x_especie |>
  arrange(desc(cantidad_registros)) |>
  slice(1:10) |>
  ggplot(aes(x = reorder(species, cantidad_registros), y = cantidad_registros)) + 
  geom_col() +
  coord_flip() +
  xlab("Especie") +
  ylab("Cantidad de registros") + 
  theme_classic()

ggplotly(grafico_ggplot2) |> config(locale="es")

Mapa de distribución de la especie countrysides limbatus

centruroides_limbatus <- 
  aracnidos |>
  filter(species == "Centruroides limbatus")

leaflet() |>
  setView(
    lng = -84,
    lat = 10,
    zoom = 7
  ) |>
  addProviderTiles(provider = providers$CartoDB.Positron, group = "Carto Positron") |>
  addPolygons(
    data = asp,
    color = "black",
    weight = 1.5,
    stroke = TRUE,
    group = "ASP"
  ) |>
  addCircleMarkers(
    data = centruroides_limbatus,
    color = "turquoise",
    radius = 4,
    stroke = FALSE,
    group = "Centruroides limbatus"
  ) |>
  addLayersControl(
    baseGroups = c("Carto Positron"),
    overlayGroups = c("ASP", "Centruroides limbatus")
  )

Mapa de riqueza de las especies aracnidas de ASP

1. Union epacial de aracnidos y asp

aracnidos_union_asp <-
  st_join(
    x = aracnidos,
    y = dplyr:: select(asp, codigo),
    join = st_within
  )

2. Conteo de la cantidad de especies de aracnidos enm cada ASP

riqueza_especies_aracnidos_asp <-
  aracnidos_union_asp |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by()